L' histoire commence par une description séparée des 2 protagonistes du manga, deux filles au destin similaire et prénommées fortuitement identiquement Nana.
La première, étudiante en art, est rigolote et sensible, tête en l'air, superstitieuse et pas très maligne, un brin capricieuse, et surtout « coeur d'artichaut » : elle craque facilement sur tous les mecs qui lui adressent la parole. Elle est assez maladroite aussi bien dans ses paroles que dans son comportement. Même si elle semble à première vue frivole, gâtée et naïve, elle se révèle vite attachante.
Nana vit dans une ville, comme elle le dit, 'sans intérêt touristique'. Elle sort à peine d'une histoire d'amour avec un type marié qui l'a plaquée pour partir à Tôkyô. Cette liaison l'a énormément faite souffrir et elle en rend responsable le « roi démon » dont elle parle sans cesse : elle s' en croit la victime et le rend responsable de ses malheurs à chaque fois que le destin s' acharne sur elle. Depuis, elle a du mal à croire un garçon et à croire en elle.
Heureusement, Junko sa meilleure amie est là et lui présente un ami d'enfance, Shôji sur qui Nana flashe. Entre eux se tisse difficilement une histoire d'amour, parsemée de malentendus et de disputes. Les deux amies finissent toutes les deux leur terminale et envisagent leurs études universitaires. Shôji lui annonce qu'il va partir pour Tôkyô et Junko veut absolument s'inscrire dans une fac d'arts plastiques à Tôkyô. Nana tente aussi les concours d'entrée mais elle les rate tous. Désespérée, elle se fait à l'idée de ne pas pouvoir les suivre mais se promet de tout faire pour les rejoindre le plus tôt possible.
Nana, c'est typiquement le genre d'héroïne facile à détester mais qu'on ne pas s'empêcher d'aimer. Elle possède une humanité et une vulnérabilité qui la rend irrésistible.

La seconde vit dans une autre ville près de la mer et s' appelle aussi Nana. Abandonnée par sa mère chez sa grand-mère à 4 ans, elle n' a jamais connu son père. Ce lourd passé fait aujourd'hui d'elle une fille battante, au fort caractère. A l' inverse de la première, elle a un look plutôt rebelle gothique. Elle est plus mature, déterminée, un peu mystérieuse et peut-être d' une froideur qui glace le dos. Elle est chanteuse au sein du groupe Blast et vie une histoire amoureuse avec le bassiste Ren qui va lui aussi l' abandonner pour partir rejoindre un groupe reconnu à Tôkyô, les "Trapnest" . Malgré la distance, leur amour va perdurer tout au long des épisodes de la série.
L'histoire de Nana, c'est donc l'histoire de ces 2 jeunes filles totalement différentes, qui vont se rencontrer, cohabiter ensemble, devenir très proche et vivre pleins d'aventures... entre amour, amitié, sentiments difficiles, groupe de musique, concert, succès, paparazzi, maladie...etc...